Savu nousee 1600-luvun alun Euroopassa. Turkkilaisia vastaan on sodittu pitkään, ja uskonnolliset sekä valtapoliittiset kiistat kiristävät katolisten ja protestanttien välejä.
Valtavien paineiden alla Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan keisari Rudolf II (1552-1612) sulkeutuu linnaansa Prahassa. Erakkohallitsija hakee lohtua vertaansa vailla olevasta taide- ja esinekokoelmastaan, jossa Albrecht Dürerin maalauksen vierestä saattaa löytää seireenin leukaluun tai feenikslinnun höyheniä. Habsburgin mahtisukuun kuuluvaa Rudolfia oli siunattu maallisella vallalla, mutta masennukseen taipuvaisen ruhtinaan todellisia intohimoja olivat taiteet ja tieteet. Keisari palkkasikin hoviinsa aikansa suurnimiä Giuseppe Arcimboldosta Adriaen de Vriesiin ja Tyko Brahesta Johannes Kepleriin.
Hullun keisarin hovissa avaa näkymän Euroopan sydämeen hetkeä ennen kolmikymmenvuotisen sodan puhkeamista. Se kertoo traagisesta henkilöstä, joka unelmoi sukunsa kunnian kasvattamisesta mutta joutuu veljensä syrjäyttämäksi - ja maailmasta, jossa harjoitetaan rinta rinnan niin alkemiaa ja magiaa kuin tähtitiedettäkin.